El consejo directivo está integrado por un presidente, un secretario general, un vicepresidente, un tesorero, un secretario permanente y el presidente del período previo. El presidente gobierna operativamente la ALACI entre asambleas generales hasta aquella celebrada durante el congreso trienal.

El consejo directivo se renueva cada tres años a partir de una propuesta elevada por el consejo directivo saliente y los presidentes o representantes de las diferentes sociedades miembro, una vez que la misma es ratificada por la Asamblea General plenaria de los asociados individuales de ALACI.

El presidente se elige teniendo en cuenta los méritos individuales de los postulantes, así como la capacidad de la sociedad nacional a la que pertenece, para el coauspicio de la tarea principal de ALACI en el trienio que es la organización del Congreso Latinoamericano y Caribeño de Inmunología.