Formado por un Presidente, un Secretario General, un Vicepresidente, un Tesorero. El Presidente ALAI anterior gobierna operativamente la ALAI entre Asambleas Generales. Este Consejo se renueva cada tres años a partir de una propuesta hecha por un Comité formado por el Consejo saliente, y los Presidentes o representantes de las diferentes sociedades miembros, y la ratificación de la Asamblea General plenaria de los asociados individuales de ALAI. El Presidente de ALAI se elige cada tres años a partir de las proposiciones del Comité, teniendo en cuenta los méritos individuales y la rotación alfabética de los países, así como la capacidad de la sociedad nacional para el co-auspicio de la tarea principal de ALAI en el trienio: la organización del Congreso de Inmunología Latinoamericano.